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Artigo
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Rational design of complex phenotype via network models

Márcio Fuzeto Gameiro Tomás Gedeon; Shane Kepley; Konstantin Mischaikow

PloS Computational Biology San Francisco, 2021 In press

San Francisco 2021

Localização: ICMC - Inst. Ciên. Mat. Computação    (PROD-3039749 )(Acessar)

2
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Artigo
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Experimental guidance for discovering genetic networks through hypothesis reduction on time series

Breschine Cummins Francis C Motta; Robert C Moseley; Anastasia Deckard; Sophia Campione; Márcio Fuzeto Gameiro; Tomás Gedeon; Konstantin Mischaikow; Steve Haase

PLoS Computational Biology São Francisco : PLoS v. 18, n. 10, p. 1-31, 2022

São Francisco 2022

Localização: ICMC - Inst. Ciên. Mat. Computação    (PROD-3108417 )(Acessar)

3
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Artigo
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Robustness and reproducibility of simple and complex synthetic logic circuit designs using a DBTL loop

Breschine Cummins Justin Vrana; Robert C Moseley; Hamed Eramian; Anastasia Deckard; Pedro Fontanarrosa; Daniel Bryce; Mark Weston; George Zheng; Joshua Nowak; Francis C Motta; Mohammed Eslami; Kara Layne Johnson; Robert P Goldman; Chris J Myers; Tessa Johnson; Matthew W Vaughn; Niall Gaffney; Joshua Urrutia; Shweta Gopaulakrishnan; Vanessa Biggers; Trissha R Higa; Lorraine A Mosqueda; Márcio Fuzeto Gameiro; Tomás Gedeon; Konstantin Mischaikow; Jacob Beal; Bryan Bartley; Tom Mitchell; Tramy T Nguyen; Nicholas Roehner; Steve Haase

Synthetic Biology Oxford : Oxford University Press v. 8, n. 1, p. 1-17, 2023

Oxford 2023

Localização: ICMC - Inst. Ciên. Mat. Computação    (PROD-3140067 )(Acessar)

4
Multi-parameter exploration of dynamics of regulatory networks
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Multi-parameter exploration of dynamics of regulatory networks

Gedeon, Tomáš

BioSystems, 2020-04, Vol.190, p.104113-104113, Article 104113 [Periódico revisado por pares]

Ireland: Elsevier B.V

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5
Multistability in the epithelial-mesenchymal transition network
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Multistability in the epithelial-mesenchymal transition network

Xin, Ying ; Cummins, Bree ; Gedeon, Tomáš

BMC bioinformatics, 2020-02, Vol.21 (1), p.71-71, Article 71 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central

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6
Rational design of complex phenotype via network models
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Artigo
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Rational design of complex phenotype via network models

Gameiro, Marcio ; Gedeon, Tomás ; Kepley, Shane ; Mischaikow, Konstantin Faeder, James R.

PLoS computational biology, 2021-07, Vol.17 (7), p.e1009189-e1009189 [Periódico revisado por pares]

San Francisco: Public Library of Science

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7
Identifying robust hysteresis in networks
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Identifying robust hysteresis in networks

Gedeon, Tomáš ; Cummins, Bree ; Harker, Shaun ; Mischaikow, Konstantin You, Lingchong

PLoS computational biology, 2018-04, Vol.14 (4), p.e1006121-e1006121 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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8
Delayed Protein Synthesis Reduces the Correlation between mRNA and Protein Fluctuations
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Artigo
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Delayed Protein Synthesis Reduces the Correlation between mRNA and Protein Fluctuations

Gedeon, Tomáš ; Bokes, Pavol

Biophysical journal, 2012-08, Vol.103 (3), p.377-385 [Periódico revisado por pares]

United States: Elsevier Inc

Texto completo disponível

9
Quantifying robustness of the gap gene network
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Artigo
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Quantifying robustness of the gap gene network

Andreas, Elizabeth ; Cummins, Breschine ; Gedeon, Tomáš

Journal of theoretical biology, 2024-03, Vol.580, p.111720-111720, Article 111720 [Periódico revisado por pares]

England

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10
A Mechanistic Model for Cooperative Behavior of Co-transcribing RNA Polymerases
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Artigo
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A Mechanistic Model for Cooperative Behavior of Co-transcribing RNA Polymerases

Heberling, Tamra ; Davis, Lisa ; Gedeon, Jakub ; Morgan, Charles ; Gedeon, Tomáš Morozov, Alexandre V

PLoS computational biology, 2016-08, Vol.12 (8), p.e1005069-e1005069 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

Texto completo disponível

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