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Caracterização funcional de potenciais genes de resistência a antibióticos identificados por um algoritmo de Deep learning

Silva, Edson Alexandre Do Nascimento

Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto 2023-03-09

Acesso online. A biblioteca também possui exemplares impressos.

  • Título:
    Caracterização funcional de potenciais genes de resistência a antibióticos identificados por um algoritmo de Deep learning
  • Autor: Silva, Edson Alexandre Do Nascimento
  • Orientador: Guazzaroni, María Eugenia
  • Assuntos: Aprendizado Profundo; Bactéria; Genes De Resistência Antimicrobiana; Resistência Antimicrobiana; Antimicrobial Resistance; Antimicrobial Resistance Genes; Bacteria; Deep Learning
  • Notas: Dissertação (Mestrado)
  • Descrição: A resistência antimicrobiana é um problema de saúde em escala mundial com a morte anual de mais de 1 milhão de pessoas. Entretanto, a situação pode se agravar caso novos antimicrobianos não estejam disponíveis para uso clínico. Em diversos estudos, a presença de organismos resistentes vem sendo identificada em múltiplos ambientes. Dentre eles, o ambiente hospitalar tem sido uma fonte de proliferação de microrganismos super-resistentes a diversos antibióticos e, logo, a transferência de seus genes de resistência a antimicrobianos tem preocupado as instituições de saúde. Portanto, é de total importância o rastreamento das linhagens microbianas e seus genes de resistência nestes locais. As abordagens tradicionais de bioinformática em bancos de dados são baseadas na estratégia de identificação de melhores hits. Uma das desvantagens nesta metodologia é o descarte de potenciais genes que estejam abaixo do limiar considerado. Contudo, novas abordagens como a aprendizagem profunda têm sido propostas como uma solução por serem mais sensíveis e precisos. Posteriormente, genes de resistência de microrganismos isolados podem ser identificados por esta metodologia. Portanto, este trabalho teve o objetivo de identificar genes de resistência a antimicrobianos pela ferramenta DeepARG baseada em aprendizagem profunda em genomas de patógenos bacterianos isolados em um hospital. Além da identificação dos potenciais genes de resistência a antibióticos, o estudo realizou uma caracterização funcional dos clones portadores de plasmídeos contendo as sequências selecionadas, na qual não foi observado nenhum sinal de resistência a antibióticos nas condições experimentais utilizadas.
  • DOI: 10.11606/D.17.2023.tde-05062023-105043
  • Editor: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto
  • Data de criação/publicação: 2023-03-09
  • Formato: Adobe PDF
  • Idioma: Português
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