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Análise transcritômica de macacos Rhesus durante infecção por Zika Vírus

Pereira, Mariana Araújo

Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Bioinformática 2019-07-12

Acesso online. A biblioteca também possui exemplares impressos.

  • Título:
    Análise transcritômica de macacos Rhesus durante infecção por Zika Vírus
  • Autor: Pereira, Mariana Araújo
  • Orientador: Nakaya, Helder Takashi Imoto
  • Assuntos: Infecção Experimental; Lncrna; Zika Vírus; Zikv; Experimental Infection; Mammals
  • Notas: Dissertação (Mestrado)
  • Notas Locais: Programa Interunidades de Pós-graduação em Bioinformática
  • Descrição: Zika vírus (ZIKV) é um arbovírus que ganhou grande relevância nos últimos anos. Zika vírus (ZIKV) é um arbovírus que ganhou grande relevância nos últimos anos. Zika Vírus (ZIKV) é um arbovírus que ganhou grande relevância nos últimos anos. Embora sua infecção geralmente induza sintomas leves, em alguns casos, a está associada à microcefalia em recém-nascidos e síndrome de Guillain-Barré em adultos. RNAs longos não codificadores (lncRNAs) desempenham um papel fundamental na modulação do sistema imunológico, mas pouco se sabe sobre sua função na infecção aguda por ZIKV. Portanto, o objetivo deste projeto foi estudar o transcritoma de macacos Rhesus durante a infecção e como os lncRNAs podem alterar a resposta em diferentes mamíferos infectados por ZIKV. Foram infectados quatro macacos Rhesus com a cepa HS-2015-BA-01 e o sangue foi coletado antes e depois de 1, 3, 5, 7, 10 e 14 dias de infecção. Em seguida, foi realizado o RNA-seq com amostras de sangue total para avaliar as alterações transcricionais durante a infecção. Nossas análises revelaram uma regulação da resposta imune, incluindo a identificação de lncRNAs que foram induzidos na infecção por ZIKV. Identificamos cerca de 9,210 lncRNAs, dos quais 3,246 ainda não foram anotados na base de dados ENSEMBL e 140 deles foram diferencialmente expressos em alguma comparação. Alguns genes associados à resposta imune, como STAT1, JAK1 e IFNGR2, parecem ser regulados negativamente. Análises de módulos de co-expressão e de redes revelaram as possíveis vias e genes afetados por alguns lncRNAs identificados. Os lncRNAs PROAP1, 2 e 3, ainda não depositados em bancos públicos, foram altamente correlacionados com BCL2, CYBA e MYCT1, que podem potencialmente regular a resposta pró-apoptótica. Além disso, outros conjuntos de dados (camundongos, neonatos e cultura celular) foram utilizados para avaliar a importância e a interferência dos lncRNAs na infecção. Com este estudo, encontramos lncRNAs previamente não descritos no genoma de M. mulatta, alguns dos quais estão correlacionados com genes importantes. Comparando todos os resultados, percebemos que alguns lncRNAs podem desempenhar papéis semelhantes, ainda que em diferentes animais. No geral, nossos resultados sugerem que a infecção por ZIKV modifica a expressão de genes codificadores e lncRNAs, quanto à mecanismos apoptóticos de resposta contra o vírus.
  • DOI: 10.11606/D.95.2019.tde-15082019-114058
  • Editor: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Bioinformática
  • Data de criação/publicação: 2019-07-12
  • Formato: Adobe PDF
  • Idioma: Português
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