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Metabolic dependencies drive species co-occurrence in diverse microbial communities

Zelezniak, Aleksej ; Andrejev, Sergej ; Ponomarova, Olga ; Mende, Daniel R ; Bork, Peer ; Patil, Kiran Raosaheb

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 19 May 2015, Vol.112(20), pp.6449-54 [Periódico revisado por pares]

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Extensive impact of non-antibiotic drugs on human gut bacteria

Maier, Lisa ; Pruteanu, Mihaela ; Kuhn, Michael ; Zeller, Georg ; Telzerow, Anja ; Anderson, Exene Erin ; Brochado, Ana Rita ; Fernandez, Keith Conrad ; Dose, Hitomi ; Mori, Hirotada ; Patil, Kiran Raosaheb ; Bork, Peer ; Typas, Athanasios

Nature, 29 March 2018, Vol.555(7698), pp.623-628 [Periódico revisado por pares]

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Uncovering transcriptional regulation of metabolism by using metabolic network topology

Patil, Kiran Raosaheb ; Nielsen, Jens

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 22 February 2005, Vol.102(8), pp.2685-9 [Periódico revisado por pares]

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Computational tools for modeling xenometabolism of the human gut microbiota

Klünemann, Martina ; Schmid, Melanie ; Patil, Kiran Raosaheb

Trends in Biotechnology, March 2014, Vol.32(3), pp.157-165 [Periódico revisado por pares]

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Metabolic interactions in microbial communities: untangling the Gordian knot

Ponomarova, Olga ; Patil, Kiran Raosaheb

Current Opinion in Microbiology, October 2015, Vol.27, pp.37-44 [Periódico revisado por pares]

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Involvement of a natural fusion of a cytochrome P450 and a hydrolase in mycophenolic acid biosynthesis

Hansen, Bjarne Gram ; Mnich, Ewelina ; Nielsen, Kristian Fog ; Nielsen, Jakob Blæsbjerg ; Nielsen, Morten Thrane ; Mortensen, Uffe Hasbro ; Larsen, Thomas Ostenfeld ; Patil, Kiran Raosaheb

Applied and environmental microbiology, July 2012, Vol.78(14), pp.4908-13 [Periódico revisado por pares]

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Contribution of Network Connectivity in Determining the Relationship between Gene Expression and Metabolite Concentration Changes (From Gene Expression to Metabolite Levels)

Zelezniak, Aleksej ; Sheridan, Steven ; Patil, Kiran Raosaheb Hatzimanikatis, Vassily (Editor)

2014, Vol.10(4), p.e1003572 [Periódico revisado por pares]

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BioMet Toolbox: genome-wide analysis of metabolism

Cvijovic, Marija ; Olivares-Hernández, Roberto ; Agren, Rasmus ; Dahr, Niklas ; Vongsangnak, Wanwipa ; Nookaew, Intawat ; Patil, Kiran Raosaheb ; Nielsen, Jens

Nucleic acids research, July 2010, Vol.38(Web Server issue), pp.W144-9 [Periódico revisado por pares]

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Systems biology perspectives on minimal and simpler cells

Xavier, Joana C ; Patil, Kiran Raosaheb ; Rocha, Isabel

Microbiology and molecular biology reviews : MMBR, September 2014, Vol.78(3), pp.487-509 [Periódico revisado por pares]

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Uncovering Transcriptional Regulation of Metabolism by Using Metabolic Network Topology

Patil, Kiran Raosaheb ; Nielsen, Jens ; Green, Philip P.

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 22 February 2005, Vol.102(8), pp.2685-2689 [Periódico revisado por pares]

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