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A free-energy landscape for coupled folding and binding of an intrinsically disordered protein in explicit solvent from detailed all-atom computations

Higo, Junichi ; Nishimura, Yoshifumi ; Nakamura, Haruki

Journal of the American Chemical Society, 13 July 2011, Vol.133(27), pp.10448-58 [Periódico revisado por pares]

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Electron density based interaction energy estimation of the special pair in the photosynthetic reaction center

Yamasaki, Hideki ; Nakamura, Haruki

Chemical Physics Letters, May 21, 2012, Vol.536, p.129(7) [Periódico revisado por pares]

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A virtual-system coupled multicanonical molecular dynamics simulation: Principles and applications to free-energy landscape of protein–protein interaction with an all-atom model in explicit solvent

Higo, Junichi ; Umezawa, Koji ; Nakamura, Haruki

The Journal of Chemical Physics, 14 May 2013, Vol.138(18) [Periódico revisado por pares]

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Distinct roles of overlapping and non-overlapping regions of hub protein interfaces in recognition of multiple partners

Dasgupta, Bhaskar ; Nakamura, Haruki ; Kinjo, Akira R

Journal of molecular biology, 19 August 2011, Vol.411(3), pp.713-27 [Periódico revisado por pares]

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Electron density based interaction energy estimation of the special pair in the photosynthetic reaction center

Yamasaki, Hideki ; Nakamura, Haruki

Chemical Physics Letters, 21 May 2012, Vol.536, pp.129-135 [Periódico revisado por pares]

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Multicanonical molecular dynamics simulations combined with Metadynamics for the free energy landscape of a biomolecular system with high energy barriers

Yonezawa, Yasushige ; Shimoyama, Hiromitsu ; Nakamura, Haruki

Chemical Physics Letters, 07 January 2011, Vol.501(4-6), pp.598-602 [Periódico revisado por pares]

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Application of zero-dipole summation method to molecular dynamics simulations of a membrane protein system

Kamiya, Narutoshi ; Fukuda, Ikuo ; Nakamura, Haruki

Chemical Physics Letters, May 1, 2013, Vol.568-569, p.26(7) [Periódico revisado por pares]

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Composite Structural Motifs of Binding Sites for Delineating Biological Functions of Proteins (Composite Motifs of Binding Sites of Proteins)

Kinjo, Akira R ; Nakamura, Haruki Keskin, Ozlem (Editor)

PLoS ONE, 2012, Vol.7(2), p.e31437 [Periódico revisado por pares]

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Coordination effects on the electronic structure of the Cu.sub.A site of cytochrome c oxidase.(Report)

Koizumi, Kenichi ; Shigeta, Yasuteru ; Okuyama, Orio ; Nakamura, Haruki ; Takano, Yu

Chemical Physics Letters, April 2, 2012, Vol.531, p.197(5) [Periódico revisado por pares]

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Electronic structures of a [4Fe–4S] cluster, [Fe 4S 4(SCH 3) 3(CH 3COO)], in dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase (DPOR)

Takano, Yu ; Yonezawa, Yasushige ; Fujita, Yuichi ; Kurisu, Genji ; Nakamura, Haruki

Chemical Physics Letters, 2011, Vol.503(4), pp.296-300 [Periódico revisado por pares]

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  2. Nakamura, H.
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