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Gene co-expression analysis for functional classification and gene-disease predictions
Gene co-expression analysis for functional classification and gene-disease predictions
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Gene co-expression analysis for functional classification and gene-disease predictions

van Dam, Sipko ; Võsa, Urmo ; van der Graaf, Adriaan ; Franke, Lude ; de Magalhães, João Pedro

Briefings in bioinformatics, 2017-01, Vol.19 (4), p.575-592 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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Pathway enrichment analysis and visualization of omics data using g:Profiler, GSEA, Cytoscape and EnrichmentMap
Pathway enrichment analysis and visualization of omics data using g:Profiler, GSEA, Cytoscape and EnrichmentMap
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Pathway enrichment analysis and visualization of omics data using g:Profiler, GSEA, Cytoscape and EnrichmentMap

Reimand, Jüri ; Isserlin, Ruth ; Voisin, Veronique ; Kucera, Mike ; Tannus-Lopes, Christian ; Rostamianfar, Asha ; Wadi, Lina ; Meyer, Mona ; Wong, Jeff ; Xu, Changjiang ; Merico, Daniele ; Bader, Gary D

Nature protocols, 2019-02, Vol.14 (2), p.482-517 [Periódico revisado por pares]

England: Nature Publishing Group

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Combining RNA-seq data and homology-based gene prediction for plants, animals and fungi
Combining RNA-seq data and homology-based gene prediction for plants, animals and fungi
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Combining RNA-seq data and homology-based gene prediction for plants, animals and fungi

Keilwagen, Jens ; Hartung, Frank ; Paulini, Michael ; Twardziok, Sven O ; Grau, Jan

BMC bioinformatics, 2018-05, Vol.19 (1), p.189-189, Article 189 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central Ltd

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Comparative analysis of differential gene expression analysis tools for single-cell RNA sequencing data
Comparative analysis of differential gene expression analysis tools for single-cell RNA sequencing data
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Comparative analysis of differential gene expression analysis tools for single-cell RNA sequencing data

Wang, Tianyu ; Li, Boyang ; Nelson, Craig E ; Nabavi, Sheida

BMC bioinformatics, 2019-01, Vol.20 (1), p.40-40, Article 40 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central Ltd

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Persistence and plasticity in bacterial gene regulation
Persistence and plasticity in bacterial gene regulation
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Persistence and plasticity in bacterial gene regulation

Baumgart, Leo A ; Lee, Ji Eun ; Salamov, Asaf ; Dilworth, David J ; Na, Hyunsoo ; Mingay, Matthew ; Blow, Matthew J ; Zhang, Yu ; Yoshinaga, Yuko ; Daum, Chris G ; O'Malley, Ronan C

Nature methods, 2021-12, Vol.18 (12), p.1499-1505 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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Single-cell multimodal omics: the power of many
Single-cell multimodal omics: the power of many
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Single-cell multimodal omics: the power of many

Zhu, Chenxu ; Preissl, Sebastian ; Ren, Bing

Nature methods, 2020-01, Vol.17 (1), p.11-14 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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Transcriptomics technologies
Transcriptomics technologies
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Transcriptomics technologies

Lowe, Rohan ; Shirley, Neil ; Bleackley, Mark ; Dolan, Stephen ; Shafee, Thomas

PLoS computational biology, 2017-05, Vol.13 (5), p.e1005457-e1005457 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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A scalable SCENIC workflow for single-cell gene regulatory network analysis
A scalable SCENIC workflow for single-cell gene regulatory network analysis
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A scalable SCENIC workflow for single-cell gene regulatory network analysis

Van de Sande, Bram ; Flerin, Christopher ; Davie, Kristofer ; De Waegeneer, Maxime ; Hulselmans, Gert ; Aibar, Sara ; Seurinck, Ruth ; Saelens, Wouter ; Cannoodt, Robrecht ; Rouchon, Quentin ; Verbeiren, Toni ; De Maeyer, Dries ; Reumers, Joke ; Saeys, Yvan ; Aerts, Stein

Nature protocols, 2020-07, Vol.15 (7), p.2247-2276 [Periódico revisado por pares]

England: Nature Publishing Group

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SpatialDE: identification of spatially variable genes
SpatialDE: identification of spatially variable genes
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SpatialDE: identification of spatially variable genes

Svensson, Valentine ; Teichmann, Sarah A ; Stegle, Oliver

Nature methods, 2018-05, Vol.15 (5), p.343-346 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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10
Reversed graph embedding resolves complex single-cell trajectories
Reversed graph embedding resolves complex single-cell trajectories
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Reversed graph embedding resolves complex single-cell trajectories

Qiu, Xiaojie ; Mao, Qi ; Tang, Ying ; Wang, Li ; Chawla, Raghav ; Pliner, Hannah A ; Trapnell, Cole

Nature methods, 2017-10, Vol.14 (10), p.979-982 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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