Pan-cancer network analysis identifies combinations of rare somatic mutations across pathways and protein complexes

Leiserson, Mark D M ; Vandin, Fabio ; Wu, Hsin-Ta ; Dobson, Jason R ; Eldridge, Jonathan V ; Thomas, Jacob L ; Papoutsaki, Alexandra ; Kim, Younhun ; Niu, Beifang ; McLellan, Michael ; Lawrence, Michael S ; Gonzalez-Perez, Abel ; Tamborero, David ; Cheng, Yuwei ; Ryslik, Gregory A ; Lopez-Bigas, Nuria ; Getz, Gad ; Ding, Li ; Raphael, Benjamin J

United States: Nature Publishing Group

Texto completo disponível

Manic Fringe deficiency imposes Jagged1 addiction to intestinal tumor cells

López-Arribillaga, Erika ; Rodilla, Verónica ; Colomer, Carlota ; Vert, Anna ; Shelton, Amy ; Cheng, Jason H ; Yan, Bing ; Gonzalez-Perez, Abel ; Junttila, Melissa R ; Iglesias, Mar ; Torres, Ferran ; Albanell, Joan ; Villanueva, Alberto ; Bigas, Anna ; Siebel, Christian W ; Espinosa, LLuís

England: Nature Publishing Group

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Multiplatform Analysis of 12 Cancer Types Reveals Molecular Classification within and across Tissues of Origin

Hoadley, Katherine A. ; Yau, Christina ; Wolf, Denise M. ; Cherniack, Andrew D. ; Tamborero, David ; Ng, Sam ; Leiserson, Max D.M. ; Niu, Beifang ; McLellan, Michael D. ; Uzunangelov, Vladislav ; Zhang, Jiashan ; Kandoth, Cyriac ; Akbani, Rehan ; Shen, Hui ; Omberg, Larsson ; Chu, Andy ; Margolin, Adam A. ; van’t Veer, Laura J. ; Lopez-Bigas, Nuria ; Laird, Peter W. ; Raphael, Benjamin J. ; Ding, Li ; Robertson, A. Gordon ; Byers, Lauren A. ; Mills, Gordon B. ; Weinstein, John N. ; Van Waes, Carter ; Chen, Zhong ; Collisson, Eric A. ; Benz, Christopher C. ; Perou, Charles M. ; Stuart, Joshua M.

United States: Elsevier Inc

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Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes (vol 578, pg 102, 2020)

Rheinbay, E ; Nielsen, MM ; Abascal, F ; Wala, JA ; Shapira, O ; Tiao, G ; Hornshoj, H ; Hess, JM ; Juul, RI ; Lin, Z ; Feuerbach, L ; Sabarinathan, R ; Madsen, T ; Kim, J ; Mularoni, L ; Shuai, S ; Lanzos, A ; Herrmann, C ; Maruvka, YE ; Shen, CY ; Amin, SB ; Bandopadhayay, P ; Bertl, J ; Boroevich, KA ; Busanovich, J ; Carlevaro-Fita, J ; Chakravarty, D ; Chan, CWY ; Craft, D ; Dhingra, P ; Diamanti, K ; Fonseca, NA ; Gonzalez-Perez, A ; Guo, QY ; Hamilton, MP ; Haradhvala, NJ ; Hong, C ; Isaev, K ; Johnson, TA ; Juul, M ; Kahles, A ; Kahraman, A ; Kim, Y ; Komorowski, J ; Kumar, K ; Kumar, S ; Lee, D ; Lehmann, KV ; Li, YL ; Liu, EM ; Lochovsky, L ; Park, K ; Pich, O ; Roberts, ND ; Saksena, G ; Schumacher, SE ; Sidiropoulos, N ; Sieverling, L ; Sinnott-Armstrong, N ; Stewart, C ; Tamborero, D ; Tubio, JMC ; Umer, HM ; Uuskula-Reimand, L ; Wadelius, C ; Wadi, L ; Yao, XT ; Zhang, CZ ; Zhang, J ; Haber, JE ; Hobolth, A ; Imielinski, M ; Kellis, M ; Lawrence, MS ; von Mering, C ; Nakagawa, H ; Raphael, BJ ; Rubin, MA ; Sander, C ; Stein, LD ; Stuart, JM ; Tsunoda, T ; Wheeler, DA ; Johnson, R ; Reimand, J ; Gerstein, M ; Khurana, E ; Campbell, PJ ; Lopez-Bigas, N ; Weischenfeldt, J ; Beroukhim, R ; Martincorena, I ; Pedersen, JS

Texto completo disponível

Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes

Rheinbay, Esther ; Nielsen, Morten Muhlig ; Abascal, Federico ; Wala, Jeremiah A ; Shapira, Ofer ; Tiao, Grace ; Hornshøj, Henrik ; Hess, Julian M ; Juul, Randi Istrup ; Lin, Ziao ; Feuerbach, Lars ; Sabarinathan, Radhakrishnan ; Madsen, Tobias ; Kim, Jaegil ; Mularoni, Loris ; Shuai, Shimin ; Lanzós, Andrés ; Herrmann, Carl ; Maruvka, Yosef E ; Shen, Ciyue ; Amin, Samirkumar B ; Bandopadhayay, Pratiti ; Bertl, Johanna ; Boroevich, Keith A ; Busanovich, John ; Carlevaro-Fita, Joana ; Chakravarty, Dimple ; Chan, Calvin Wing Yiu ; Craft, David ; Dhingra, Priyanka ; Diamanti, Klev ; Fonseca, Nuno A ; Gonzalez-Perez, Abel ; Guo, Qianyun ; Hamilton, Mark P ; Haradhvala, Nicholas J ; Hong, Chen ; Isaev, Keren ; Johnson, Todd A ; Juul, Malene ; Kahles, Andre ; Kahraman, Abdullah ; Kim, Youngwook ; Komorowski, Jan ; Kumar, Kiran ; Kumar, Sushant ; Lee, Donghoon ; Lehmann, Kjong-Van ; Li, Yilong ; Liu, Eric Minwei ; Lochovsky, Lucas ; Park, Keunchil ; Pich, Oriol ; Roberts, Nicola D ; Saksena, Gordon ; Schumacher, Steven E ; Sidiropoulos, Nikos ; Sieverling, Lina ; Sinnott-Armstrong, Nasa ; Stewart, Chip ; Tamborero, David ; Tubio, Jose MC ; Umer, Husen M ; Uusküla-Reimand, Liis ; Wadelius, Claes ; Wadi, Lina ; Yao, Xiaotong ; Zhang, Cheng-Zhong ; Zhang, Jing ; Haber, James E ; Hobolth, Asger ; Imielinski, Marcin ; Kellis, Manolis ; Lawrence, Michael S ; von Mering, Christian ; Nakagawa, Hidewaki ; Raphael, Benjamin J ; Rubin, Mark A ; Sander, Chris ; Stein, Lincoln D ; Stuart, Joshua M ; Tsunoda, Tatsuhiko ; Wheeler, David A ; Johnson, Rory ; Reimand, Jüri ; Gerstein, Mark ; Khurana, Ekta ; Campbell, Peter J ; López-Bigas, Núria ; Weischenfeldt, Joachim ; Beroukhim, Rameen ; Martincorena, Iñigo ; Pedersen, Jakob Skou ; Getz, Gad ; PCAWG Drivers and Functional Interpretation Working Group, the ; Marchal, Kathleen ; Pulido-Tamayo, Sergio ; Verbeke, Lieven

2020

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Pan-cancer network analysis identifies combinations of rare somatic mutations across pathways and protein complexes

Leiserson, Mark D.M ; Vandin, Fabio ; Wu, Hsin-Ta ; Dobson, Jason R ; Eldridge, Jonathan V ; Thomas, Jacob L ; Papoutsaki, Alexandra ; Kim, Younhun ; Niu, Beifang ; McLellan, Michael ; Lawrence, Michael S ; Gonzalez-Perez, Abel ; Tamborero Noguera, David ; Cheng, Yuwei ; Ryslik, Gregory A ; López Bigas, Núria ; Getz, Gad ; Ding, Li ; Raphael, Benjamin J

Nature Research 2015

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Pan-Cancer Network Analysis Identifies Combinations of Rare Somatic Mutations across Pathways and Protein Complexes

Leiserson, Mark D.M ; Vandin, Fabio ; Wu, Hsin-Ta ; Dobson, Jason R ; Eldridge, Jonathan V ; Thomas, Jacob L ; Papoutsaki, Alexandra ; Kim, Younhun ; Niu, Beifang ; McLellan, Michael ; Lawrence, Michael S ; Gonzalez-Perez, Abel ; Tamborero, David ; Cheng, Yuwei ; Ryslik, Gregory A ; Lopez-Bigas, Nuria ; Getz, Gad ; Ding, Li ; Raphael, Benjamin J

2014

Texto completo disponível

Manic Fringe deficiency imposes Jagged1 addiction to intestinal tumor cells

López Arribillaga, Erika ; Rodilla Benito, Verónica ; Colomer, Carlota ; Vert, Anna ; Shelton, Amy ; Cheng, Jason H ; Yan, Bing ; Gonzalez Perez, Abel ; Junttila, Melissa R ; Iglesias, Mar ; Torres, Ferran ; Albanell Mestres, Joan ; Villanueva Garatachea, Alberto ; Bigas Salvans, Anna ; Siebel, Christian W ; Espinosa, Lluís

Nature Publishing Group 2018-07

Texto completo disponível

Manic Fringe deficiency imposes Jagged1 addiction to intestinal tumor cells

López-Arribillaga, Erika ; Rodilla, Verónica ; Colomer, Carlota ; Vert, Anna ; Shelton, Amy ; Cheng, Jason H ; Yan, Bing ; Gonzalez-Perez, Abel ; Junttila, Melissa R ; Iglesias, Mar ; Torres, Ferran ; Albanell Mestres, Joan ; Villanueva, Alberto ; Bigas Salvans, Anna ; Siebel, Christian W ; Espinosa, LLuís

2018

Texto completo disponível

Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes

Rheinbay, Esther ; Nielsen, Morten Muhlig ; Abascal, Federico ; Wala, Jeremiah A ; Shapira, Ofer ; Tiao, Grace ; Hornshøj, Henrik ; Hess, Julian M ; Juul, Randi Istrup ; Lin, Ziao ; Feuerbach, Lars ; Sabarinathan, Radhakrishnan ; Madsen, Tobias ; Kim, Jaegil ; Mularoni, Loris ; Shuai, Shimin ; Lanzós, Andrés ; Herrmann, Carl ; Maruvka, Yosef E ; Shen, Ciyue ; Amin, Samirkumar B ; Bandopadhayay, Pratiti ; Bertl, Johanna ; Boroevich, Keith A ; Busanovich, John ; Carlevaro-Fita, Joana ; Chakravarty, Dimple ; Chan, Calvin Wing Yiu ; Craft, David ; Dhingra, Priyanka ; Diamanti, Klev ; Fonseca, Nuno A ; Gonzalez-Perez, Abel ; Guo, Qianyun ; Hamilton, Mark P ; Haradhvala, Nicholas J ; Hong, Chen ; Isaev, Keren ; Johnson, Todd A ; Juul, Malene ; Kahles, Andre ; Kahraman, Abdullah ; Kim, Youngwook ; Komorowski, Jan ; Kumar, Kiran ; Kumar, Sushant ; Lee, Donghoon ; Lehmann, Kjong-Van ; Li, Yilong ; Liu, Eric Minwei ; Lochovsky, Lucas ; Park, Keunchil ; Pich, Oriol ; Roberts, Nicola D ; Saksena, Gordon ; Schumacher, Steven E ; Sidiropoulos, Nikos ; Sieverling, Lina ; Sinnott-Armstrong, Nasa ; Stewart, Chip ; Tamborero, David ; Tubio, Jose MC ; Umer, Husen M ; Uusküla-Reimand, Liis ; Wadelius, Claes ; Wadi, Lina ; Yao, Xiaotong ; Zhang, Cheng-Zhong ; Zhang, Jing ; Haber, James E ; Hobolth, Asger ; Imielinski, Marcin ; Kellis, Manolis ; Lawrence, Michael S ; von Mering, Christian ; Nakagawa, Hidewaki ; Raphael, Benjamin J ; Rubin, Mark A ; Sander, Chris ; Stein, Lincoln D ; Stuart, Joshua M ; Tsunoda, Tatsuhiko ; Wheeler, David A ; Johnson, Rory ; Reimand, Jüri ; Gerstein, Mark ; Khurana, Ekta ; Campbell, Peter J ; López-Bigas, Núria ; PCAWG Drivers and Functional Interpretation Working Group ; PCAWG Structural Variation Working Group ; Weischenfeldt, Joachim ; Beroukhim, Rameen ; Martincorena, Iñigo ; Pedersen, Jakob Skou ; Getz, Gad ; PCAWG Consortium

Nature 2020-02

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