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OpenMM 7: Rapid development of high performance algorithms for molecular dynamics
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OpenMM 7: Rapid development of high performance algorithms for molecular dynamics

Eastman, Peter ; Swails, Jason ; Chodera, John D ; McGibbon, Robert T ; Zhao, Yutong ; Beauchamp, Kyle A ; Wang, Lee-Ping ; Simmonett, Andrew C ; Harrigan, Matthew P ; Stern, Chaya D ; Wiewiora, Rafal P ; Brooks, Bernard R ; Pande, Vijay S Gentleman, Robert

PLoS computational biology, 2017-07, Vol.13 (7), p.e1005659-e1005659 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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2
mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration
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mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration

Rohart, Florian ; Gautier, Benoît ; Singh, Amrit ; Lê Cao, Kim-Anh Schneidman, Dina

PLoS computational biology, 2017-11, Vol.13 (11), p.e1005752-e1005752 [Periódico revisado por pares]

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3
Multivariable association discovery in population-scale meta-omics studies
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Multivariable association discovery in population-scale meta-omics studies

Mallick, Himel ; Rahnavard, Ali ; McIver, Lauren J ; Ma, Siyuan ; Zhang, Yancong ; Nguyen, Long H ; Tickle, Timothy L ; Weingart, George ; Ren, Boyu ; Schwager, Emma H ; Chatterjee, Suvo ; Thompson, Kelsey N ; Wilkinson, Jeremy E ; Subramanian, Ayshwarya ; Lu, Yiren ; Waldron, Levi ; Paulson, Joseph N ; Franzosa, Eric A ; Bravo, Hector Corrada ; Huttenhower, Curtis Coelho, Luis Pedro

PLoS computational biology, 2021-11, Vol.17 (11), p.e1009442 [Periódico revisado por pares]

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4
MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system
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MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system

Marçais, Guillaume ; Delcher, Arthur L ; Phillippy, Adam M ; Coston, Rachel ; Salzberg, Steven L ; Zimin, Aleksey Darling, Aaron E.

PLoS computational biology, 2018-01, Vol.14 (1), p.e1005944-e1005944 [Periódico revisado por pares]

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5
BEAST 2: a software platform for Bayesian evolutionary analysis
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BEAST 2: a software platform for Bayesian evolutionary analysis

Bouckaert, Remco ; Heled, Joseph ; Kühnert, Denise ; Vaughan, Tim ; Wu, Chieh-Hsi ; Xie, Dong ; Suchard, Marc A ; Rambaut, Andrew ; Drummond, Alexei J Prlic, Andreas

PLoS computational biology, 2014-04, Vol.10 (4), p.e1003537 [Periódico revisado por pares]

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6
Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads
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Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads

Wick, Ryan R ; Judd, Louise M ; Gorrie, Claire L ; Holt, Kathryn E Phillippy, Adam M.

PLoS computational biology, 2017-06, Vol.13 (6), p.e1005595-e1005595 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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7
Accurate De Novo Prediction of Protein Contact Map by Ultra-Deep Learning Model
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Accurate De Novo Prediction of Protein Contact Map by Ultra-Deep Learning Model

Wang, Sheng ; Sun, Siqi ; Li, Zhen ; Zhang, Renyu ; Xu, Jinbo Schlessinger, Avner

PLoS computational biology, 2017-01, Vol.13 (1), p.e1005324-e1005324 [Periódico revisado por pares]

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8
Deep supervised, but not unsupervised, models may explain IT cortical representation
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Deep supervised, but not unsupervised, models may explain IT cortical representation

Khaligh-Razavi, Seyed-Mahdi ; Kriegeskorte, Nikolaus Diedrichsen, Jörn

PLoS computational biology, 2014-11, Vol.10 (11), p.e1003915-e1003915 [Periódico revisado por pares]

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9
ProMod3-A versatile homology modelling toolbox
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ProMod3-A versatile homology modelling toolbox

Studer, Gabriel ; Tauriello, Gerardo ; Bienert, Stefan ; Biasini, Marco ; Johner, Niklaus ; Schwede, Torsten Schneidman-Duhovny, Dina

PLoS computational biology, 2021-01, Vol.17 (1), p.e1008667-e1008667 [Periódico revisado por pares]

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10
RESCRIPt: Reproducible sequence taxonomy reference database management
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RESCRIPt: Reproducible sequence taxonomy reference database management

Robeson, 2nd, Michael S ; O'Rourke, Devon R ; Kaehler, Benjamin D ; Ziemski, Michal ; Dillon, Matthew R ; Foster, Jeffrey T ; Bokulich, Nicholas A Pertea, Mihaela

PLoS computational biology, 2021-11, Vol.17 (11), p.e1009581 [Periódico revisado por pares]

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