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Genome sequence of the pea aphid Acyrthosiphon pisum
Genome sequence of the pea aphid Acyrthosiphon pisum
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Genome sequence of the pea aphid Acyrthosiphon pisum

Richards, Stephen ; Gibbs, Richard A ; Gerardo, Nicole M ; Moran, Nancy ; Nakabachi, Atsushi ; Stern, David ; Tagu, Denis ; Wilson, Alex C.C ; Dang, Phat M ; Souvorov, Alexandre ; Evans, Jay ; Hunter, Wayne Eisen, Jonathan A.

PLoS Biology, 2010-02, Vol.8 (2), p.e1000313-e1000313 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencing
High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencing
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High-accuracy long-read amplicon sequences using unique molecular identifiers with Nanopore or PacBio sequencing

Karst, Søren M ; Ziels, Ryan M ; Kirkegaard, Rasmus H ; Sørensen, Emil A ; McDonald, Daniel ; Zhu, Qiyun ; Knight, Rob ; Albertsen, Mads

Nature methods, 2021-02, Vol.18 (2), p.165-169 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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3
Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm
Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm
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Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm

Cheng, Haoyu ; Concepcion, Gregory T ; Feng, Xiaowen ; Zhang, Haowen ; Li, Heng

Nature methods, 2021-02, Vol.18 (2), p.170-175 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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4
Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND
Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND
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Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND

Buchfink, Benjamin ; Xie, Chao ; Huson, Daniel H

Nature methods, 2015-01, Vol.12 (1), p.59-60 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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5
PANTHER: Making genome‐scale phylogenetics accessible to all
PANTHER: Making genome‐scale phylogenetics accessible to all
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PANTHER: Making genome‐scale phylogenetics accessible to all

Thomas, Paul D. ; Ebert, Dustin ; Muruganujan, Anushya ; Mushayahama, Tremayne ; Albou, Laurent‐Philippe ; Mi, Huaiyu

Protein science, 2022-01, Vol.31 (1), p.8-22 [Periódico revisado por pares]

Hoboken, USA: John Wiley & Sons, Inc

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6
Clustal Omega for making accurate alignments of many protein sequences
Clustal Omega for making accurate alignments of many protein sequences
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Clustal Omega for making accurate alignments of many protein sequences

Sievers, Fabian ; Higgins, Desmond G.

Protein science, 2018-01, Vol.27 (1), p.135-145 [Periódico revisado por pares]

United States: Wiley Subscription Services, Inc

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7
The EnteroBase user's guide, with case studies on Salmonella transmissions, Yersinia pestis phylogeny, and Escherichia core genomic diversity
The EnteroBase user's guide, with case studies on Salmonella transmissions, Yersinia pestis phylogeny, and Escherichia core genomic diversity
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The EnteroBase user's guide, with case studies on Salmonella transmissions, Yersinia pestis phylogeny, and Escherichia core genomic diversity

Zhou, Zhemin ; Alikhan, Nabil-Fareed ; Mohamed, Khaled ; Fan, Yulei ; Achtman, Mark

Genome research, 2020-01, Vol.30 (1), p.138-152 [Periódico revisado por pares]

United States: Cold Spring Harbor Laboratory Press

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8
ClipKIT: A multiple sequence alignment trimming software for accurate phylogenomic inference
ClipKIT: A multiple sequence alignment trimming software for accurate phylogenomic inference
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ClipKIT: A multiple sequence alignment trimming software for accurate phylogenomic inference

Steenwyk, Jacob L ; Buida, 3rd, Thomas J ; Li, Yuanning ; Shen, Xing-Xing ; Rokas, Antonis Hejnol, Andreas

PLoS Biology, 2020-12, Vol.18 (12), p.e3001007-e3001007 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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9
jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing
jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing
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jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing

Darriba, Diego ; Taboada, Guillermo L ; Doallo, Ramón ; Posada, David

Nature methods, 2012-08, Vol.9 (8), p.772-772 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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10
RNA motif discovery by SHAPE and mutational profiling (SHAPE-MaP)
RNA motif discovery by SHAPE and mutational profiling (SHAPE-MaP)
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RNA motif discovery by SHAPE and mutational profiling (SHAPE-MaP)

Siegfried, Nathan A ; Busan, Steven ; Rice, Greggory M ; Nelson, Julie A E ; Weeks, Kevin M

Nature methods, 2014-09, Vol.11 (9), p.959-965 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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