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BioBERT: a pre-trained biomedical language representation model for biomedical text mining
BioBERT: a pre-trained biomedical language representation model for biomedical text mining
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BioBERT: a pre-trained biomedical language representation model for biomedical text mining

Lee, Jinhyuk ; Yoon, Wonjin ; Kim, Sungdong ; Kim, Donghyeon ; Kim, Sunkyu ; So, Chan Ho ; Kang, Jaewoo Wren, Jonathan

Bioinformatics, 2020-02, Vol.36 (4), p.1234-1240 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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RAxML-NG: a fast, scalable and user-friendly tool for maximum likelihood phylogenetic inference
RAxML-NG: a fast, scalable and user-friendly tool for maximum likelihood phylogenetic inference
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RAxML-NG: a fast, scalable and user-friendly tool for maximum likelihood phylogenetic inference

Kozlov, Alexey M ; Darriba, Diego ; Flouri, Tomáš ; Morel, Benoit ; Stamatakis, Alexandros Wren, Jonathan

Bioinformatics, 2019-11, Vol.35 (21), p.4453-4455 [Periódico revisado por pares]

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3
Complex heatmaps reveal patterns and correlations in multidimensional genomic data
Complex heatmaps reveal patterns and correlations in multidimensional genomic data
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Complex heatmaps reveal patterns and correlations in multidimensional genomic data

Gu, Zuguang ; Eils, Roland ; Schlesner, Matthias

Bioinformatics (Oxford, England), 2016-09, Vol.32 (18), p.2847-2849 [Periódico revisado por pares]

England

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fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor
fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor
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fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor

Chen, Shifu ; Zhou, Yanqing ; Chen, Yaru ; Gu, Jia

Bioinformatics, 2018-09, Vol.34 (17), p.i884-i890 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences
Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences
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Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences

Li, Heng Birol, Inanc

Bioinformatics, 2018-09, Vol.34 (18), p.3094-3100 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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6
Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution
Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution
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Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution

Hadfield, James ; Megill, Colin ; Bell, Sidney M ; Huddleston, John ; Potter, Barney ; Callender, Charlton ; Sagulenko, Pavel ; Bedford, Trevor ; Neher, Richard A Kelso, Janet

Bioinformatics, 2018-12, Vol.34 (23), p.4121-4123 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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KofamKOALA: KEGG Ortholog assignment based on profile HMM and adaptive score threshold
KofamKOALA: KEGG Ortholog assignment based on profile HMM and adaptive score threshold
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KofamKOALA: KEGG Ortholog assignment based on profile HMM and adaptive score threshold

Aramaki, Takuya ; Blanc-Mathieu, Romain ; Endo, Hisashi ; Ohkubo, Koichi ; Kanehisa, Minoru ; Goto, Susumu ; Ogata, Hiroyuki Valencia, Alfonso

Bioinformatics, 2020-04, Vol.36 (7), p.2251-2252 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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VarSome: the human genomic variant search engine
VarSome: the human genomic variant search engine
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VarSome: the human genomic variant search engine

Kopanos, Christos ; Tsiolkas, Vasilis ; Kouris, Alexandros ; Chapple, Charles E ; Albarca Aguilera, Monica ; Meyer, Richard ; Massouras, Andreas Wren, Jonathan

Bioinformatics (Oxford, England), 2019-06, Vol.35 (11), p.1978-1980 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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clinker & clustermap.js: automatic generation of gene cluster comparison figures
clinker & clustermap.js: automatic generation of gene cluster comparison figures
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clinker & clustermap.js: automatic generation of gene cluster comparison figures

Gilchrist, Cameron L M ; Chooi, Yit-Heng Robinson, Peter

Bioinformatics (Oxford, England), 2021-08, Vol.37 (16), p.2473-2475 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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10
Identifying and removing haplotypic duplication in primary genome assemblies
Identifying and removing haplotypic duplication in primary genome assemblies
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Identifying and removing haplotypic duplication in primary genome assemblies

Guan, Dengfeng ; McCarthy, Shane A ; Wood, Jonathan ; Howe, Kerstin ; Wang, Yadong ; Durbin, Richard Valencia, Alfonso

Bioinformatics, 2020-05, Vol.36 (9), p.2896-2898 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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