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1
Ten years of pathway analysis: current approaches and outstanding challenges
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Ten years of pathway analysis: current approaches and outstanding challenges

Khatri, Purvesh ; Sirota, Marina ; Butte, Atul J Ouzounis, Christos A.

PLoS computational biology, 2012-02, Vol.8 (2), p.e1002375-e1002375 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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2
Hypergraphs and cellular networks
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Hypergraphs and cellular networks

Klamt, Steffen ; Haus, Utz-Uwe ; Theis, Fabian Stelling, Jörg

PLoS computational biology, 2009-05, Vol.5 (5), p.e1000385-e1000385 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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3
Geometric interpretation of gene coexpression network analysis
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Geometric interpretation of gene coexpression network analysis

Horvath, Steve ; Dong, Jun Miyano, Satoru

PLoS computational biology, 2008-08, Vol.4 (8), p.e1000117-e1000117 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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4
Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit
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Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit

Okonechnikov, Konstantin ; Golosova, Olga ; Fursov, Mikhail

Bioinformatics (Oxford, England), 2012-04, Vol.28 (8), p.1166-1167 [Periódico revisado por pares]

England

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5
MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system
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MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system

Marçais, Guillaume ; Delcher, Arthur L ; Phillippy, Adam M ; Coston, Rachel ; Salzberg, Steven L ; Zimin, Aleksey Darling, Aaron E.

PLoS computational biology, 2018-01, Vol.14 (1), p.e1005944-e1005944 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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6
Environments that induce synthetic microbial ecosystems
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Environments that induce synthetic microbial ecosystems

Klitgord, Niels ; Segrè, Daniel Papin, Jason A.

PLoS computational biology, 2010-11, Vol.6 (11), p.e1001002-e1001002 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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7
SciPy 1.0: fundamental algorithms for scientific computing in Python
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SciPy 1.0: fundamental algorithms for scientific computing in Python

Virtanen, Pauli ; Gommers, Ralf ; Oliphant, Travis E ; Haberland, Matt ; Reddy, Tyler ; Cournapeau, David ; Burovski, Evgeni ; Peterson, Pearu ; Weckesser, Warren ; Bright, Jonathan ; van der Walt, Stéfan J ; Brett, Matthew ; Wilson, Joshua ; Millman, K Jarrod ; Mayorov, Nikolay ; Nelson, Andrew R J ; Jones, Eric ; Kern, Robert ; Larson, Eric ; Carey, C J ; Polat, İlhan ; Feng, Yu ; Moore, Eric W ; VanderPlas, Jake ; Laxalde, Denis ; Perktold, Josef ; Cimrman, Robert ; Henriksen, Ian ; Quintero, E A ; Harris, Charles R ; Archibald, Anne M ; Ribeiro, Antônio H ; Pedregosa, Fabian ; van Mulbregt, Paul

Nature methods, 2020-03, Vol.17 (3), p.261-272 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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8
Sensitive protein alignments at tree-of-life scale using DIAMOND
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Sensitive protein alignments at tree-of-life scale using DIAMOND

Buchfink, Benjamin ; Reuter, Klaus ; Drost, Hajk-Georg

Nature methods, 2021-04, Vol.18 (4), p.366-368 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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9
Predicting protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure
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Predicting protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure

Capra, John A ; Laskowski, Roman A ; Thornton, Janet M ; Singh, Mona ; Funkhouser, Thomas A Lengauer, Thomas

PLoS computational biology, 2009-12, Vol.5 (12), p.e1000585 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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10
Representability of algebraic topology for biomolecules in machine learning based scoring and virtual screening
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Representability of algebraic topology for biomolecules in machine learning based scoring and virtual screening

Cang, Zixuan ; Mu, Lin ; Wei, Guo-Wei Peng, Jian

PLoS computational biology, 2018-01, Vol.14 (1), p.e1005929-e1005929 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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