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Evidence that mutation is universally biased towards AT in bacteria
Evidence that mutation is universally biased towards AT in bacteria
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Evidence that mutation is universally biased towards AT in bacteria

Hershberg, Ruth ; Petrov, Dmitri A Nachman, Michael W.

PLoS genetics, 2010-09, Vol.6 (9), p.e1001115-e1001115 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life
A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life
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A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life

Parks, Donovan H ; Chuvochina, Maria ; Waite, David W ; Rinke, Christian ; Skarshewski, Adam ; Chaumeil, Pierre-Alain ; Hugenholtz, Philip

Nature biotechnology, 2018-11, Vol.36 (10), p.996-1004 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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BEAST 2.5: An advanced software platform for Bayesian evolutionary analysis
BEAST 2.5: An advanced software platform for Bayesian evolutionary analysis
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BEAST 2.5: An advanced software platform for Bayesian evolutionary analysis

Bouckaert, Remco ; Vaughan, Timothy G ; Barido-Sottani, Joëlle ; Duchêne, Sebastián ; Fourment, Mathieu ; Gavryushkina, Alexandra ; Heled, Joseph ; Jones, Graham ; Kühnert, Denise ; De Maio, Nicola ; Matschiner, Michael ; Mendes, Fábio K ; Müller, Nicola F ; Ogilvie, Huw A ; du Plessis, Louis ; Popinga, Alex ; Rambaut, Andrew ; Rasmussen, David ; Siveroni, Igor ; Suchard, Marc A ; Wu, Chieh-Hsi ; Xie, Dong ; Zhang, Chi ; Stadler, Tanja ; Drummond, Alexei J Pertea, Mihaela

PLoS computational biology, 2019-04, Vol.15 (4), p.e1006650-e1006650 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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4
Inferring the mammal tree: Species-level sets of phylogenies for questions in ecology, evolution, and conservation
Inferring the mammal tree: Species-level sets of phylogenies for questions in ecology, evolution, and conservation
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Inferring the mammal tree: Species-level sets of phylogenies for questions in ecology, evolution, and conservation

Upham, Nathan S ; Esselstyn, Jacob A ; Jetz, Walter Tanentzap, Andrew J.

PLoS biology, 2019-12, Vol.17 (12), p.e3000494-e3000494 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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Endosymbiotic Theories of Organelles Revisited: Retrospects and Prospects
Endosymbiotic Theories of Organelles Revisited: Retrospects and Prospects
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Endosymbiotic Theories of Organelles Revisited: Retrospects and Prospects

Sato, Naoki

Singapore: Springer Singapore Pte. Limited 2020

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Resolving difficult phylogenetic questions: why more sequences are not enough
Resolving difficult phylogenetic questions: why more sequences are not enough
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Resolving difficult phylogenetic questions: why more sequences are not enough

Philippe, Hervé ; Brinkmann, Henner ; Lavrov, Dennis V ; Littlewood, D Timothy J ; Manuel, Michael ; Wörheide, Gert ; Baurain, Denis Penny, David

PLoS Biology, 2011-03, Vol.9 (3), p.e1000602-e1000602 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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Experimental bacterial adaptation to the zebrafish gut reveals a primary role for immigration
Experimental bacterial adaptation to the zebrafish gut reveals a primary role for immigration
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Experimental bacterial adaptation to the zebrafish gut reveals a primary role for immigration

Robinson, Catherine D ; Klein, Helena S ; Murphy, Kyleah D ; Parthasarathy, Raghuveer ; Guillemin, Karen ; Bohannan, Brendan J M Gore, Jeff

PLoS Biology, 2018-12, Vol.16 (12), p.e2006893 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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8
Ancestral reconstruction of protein interaction networks
Ancestral reconstruction of protein interaction networks
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Ancestral reconstruction of protein interaction networks

Liebeskind, Benjamin J ; Aldrich, Richard W ; Marcotte, Edward M Kann, Maricel G

PLoS computational biology, 2019-10, Vol.15 (10), p.e1007396-e1007396 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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Genomic analysis of the basal lineage fungus Rhizopus oryzae reveals a whole-genome duplication
Genomic analysis of the basal lineage fungus Rhizopus oryzae reveals a whole-genome duplication
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Genomic analysis of the basal lineage fungus Rhizopus oryzae reveals a whole-genome duplication

Ma, Li-Jun ; Ibrahim, Ashraf S ; Skory, Christopher ; Grabherr, Manfred G ; Burger, Gertraud ; Butler, Margi ; Elias, Marek ; Idnurm, Alexander ; Lang, B Franz ; Sone, Teruo ; Abe, Ayumi ; Calvo, Sarah E ; Corrochano, Luis M ; Engels, Reinhard ; Fu, Jianmin ; Hansberg, Wilhelm ; Kim, Jung-Mi ; Kodira, Chinnappa D ; Koehrsen, Michael J ; Liu, Bo ; Miranda-Saavedra, Diego ; O'Leary, Sinead ; Ortiz-Castellanos, Lucila ; Poulter, Russell ; Rodriguez-Romero, Julio ; Ruiz-Herrera, José ; Shen, Yao-Qing ; Zeng, Qiandong ; Galagan, James ; Birren, Bruce W ; Cuomo, Christina A ; Wickes, Brian L Madhani, Hiten D.

PLoS genetics, 2009-07, Vol.5 (7), p.e1000549-e1000549 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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10
Revisiting the taxonomy and evolution of pathogenicity of the genus Leptospira through the prism of genomics
Revisiting the taxonomy and evolution of pathogenicity of the genus Leptospira through the prism of genomics
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Revisiting the taxonomy and evolution of pathogenicity of the genus Leptospira through the prism of genomics

Vincent, Antony T ; Schiettekatte, Olivier ; Goarant, Cyrille ; Neela, Vasantha Kumari ; Bernet, Eve ; Thibeaux, Roman ; Ismail, Nabilah ; Mohd Khalid, Mohd Khairul Nizam ; Amran, Fairuz ; Masuzawa, Toshiyuki ; Nakao, Ryo ; Amara Korba, Anissa ; Bourhy, Pascale ; Veyrier, Frederic J ; Picardeau, Mathieu Martins, Elizabeth Angelica Leme

PLoS neglected tropical diseases, 2019-05, Vol.13 (5), p.e0007270 [Periódico revisado por pares]

United States: Public Library of Science

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