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Advances for studying clonal evolution in cancer
Advances for studying clonal evolution in cancer
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Advances for studying clonal evolution in cancer

Ding, Li ; Raphael, Benjamin J ; Chen, Feng ; Wendl, Michael C

Cancer letters, 2013-11, Vol.340 (2), p.212-219 [Periódico revisado por pares]

Ireland: Elsevier Ireland Ltd

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Visible Machine Learning for Biomedicine
Visible Machine Learning for Biomedicine
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Visible Machine Learning for Biomedicine

Yu, Michael K. ; Ma, Jianzhu ; Fisher, Jasmin ; Kreisberg, Jason F. ; Raphael, Benjamin J. ; Ideker, Trey

Cell, 2018-06, Vol.173 (7), p.1562-1565 [Periódico revisado por pares]

United States: Elsevier Inc

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SuperDendrix algorithm integrates genetic dependencies and genomic alterations across pathways and cancer types
SuperDendrix algorithm integrates genetic dependencies and genomic alterations across pathways and cancer types
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SuperDendrix algorithm integrates genetic dependencies and genomic alterations across pathways and cancer types

Park, Tae Yoon ; Leiserson, Mark D.M. ; Klau, Gunnar W. ; Raphael, Benjamin J.

Cell genomics, 2022-02, Vol.2 (2), p.100099, Article 100099 [Periódico revisado por pares]

United States: Elsevier Inc

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A New Approach for Quantitative Phosphoproteomic Dissection of Signaling Pathways Applied to T Cell Receptor Activation
A New Approach for Quantitative Phosphoproteomic Dissection of Signaling Pathways Applied to T Cell Receptor Activation
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A New Approach for Quantitative Phosphoproteomic Dissection of Signaling Pathways Applied to T Cell Receptor Activation

Nguyen, Vinh ; Cao, Lulu ; Lin, Jonathan T. ; Hung, Norris ; Ritz, Anna ; Yu, Kebing ; Jianu, Radu ; Ulin, Samuel P. ; Raphael, Benjamin J. ; Laidlaw, David H. ; Brossay, Laurent ; Salomon, Arthur R.

Molecular & cellular proteomics, 2009-11, Vol.8 (11), p.2418-2431 [Periódico revisado por pares]

United States: Elsevier Inc

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Inferring the Mutational History of a Tumor Using Multi-state Perfect Phylogeny Mixtures
Inferring the Mutational History of a Tumor Using Multi-state Perfect Phylogeny Mixtures
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Inferring the Mutational History of a Tumor Using Multi-state Perfect Phylogeny Mixtures

El-Kebir, Mohammed ; Satas, Gryte ; Oesper, Layla ; Raphael, Benjamin J.

Cell systems, 2016-07, Vol.3 (1), p.43-53 [Periódico revisado por pares]

United States: Elsevier Inc

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SCARLET: Single-Cell Tumor Phylogeny Inference with Copy-Number Constrained Mutation Losses
SCARLET: Single-Cell Tumor Phylogeny Inference with Copy-Number Constrained Mutation Losses
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SCARLET: Single-Cell Tumor Phylogeny Inference with Copy-Number Constrained Mutation Losses

Satas, Gryte ; Zaccaria, Simone ; Mon, Geoffrey ; Raphael, Benjamin J.

Cell systems, 2020-04, Vol.10 (4), p.323-332.e8 [Periódico revisado por pares]

United States: Elsevier Inc

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CALDER: Inferring Phylogenetic Trees from Longitudinal Tumor Samples
CALDER: Inferring Phylogenetic Trees from Longitudinal Tumor Samples
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CALDER: Inferring Phylogenetic Trees from Longitudinal Tumor Samples

Myers, Matthew A. ; Satas, Gryte ; Raphael, Benjamin J.

Cell systems, 2019-06, Vol.8 (6), p.514-522.e5 [Periódico revisado por pares]

United States: Elsevier Inc

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Startle: A star homoplasy approach for CRISPR-Cas9 lineage tracing
Startle: A star homoplasy approach for CRISPR-Cas9 lineage tracing
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Startle: A star homoplasy approach for CRISPR-Cas9 lineage tracing

Sashittal, Palash ; Schmidt, Henri ; Chan, Michelle ; Raphael, Benjamin J

Cell systems, 2023-12, Vol.14 (12), p.1113-1121.e9 [Periódico revisado por pares]

United States

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9
Belayer: Modeling discrete and continuous spatial variation in gene expression from spatially resolved transcriptomics
Belayer: Modeling discrete and continuous spatial variation in gene expression from spatially resolved transcriptomics
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Belayer: Modeling discrete and continuous spatial variation in gene expression from spatially resolved transcriptomics

Ma, Cong ; Chitra, Uthsav ; Zhang, Shirley ; Raphael, Benjamin J.

Cell systems, 2022-10, Vol.13 (10), p.786-797.e13 [Periódico revisado por pares]

United States: Elsevier Inc

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10
DeCiFering the elusive cancer cell fraction in tumor heterogeneity and evolution
DeCiFering the elusive cancer cell fraction in tumor heterogeneity and evolution
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DeCiFering the elusive cancer cell fraction in tumor heterogeneity and evolution

Satas, Gryte ; Zaccaria, Simone ; El-Kebir, Mohammed ; Raphael, Benjamin J.

Cell systems, 2021-10, Vol.12 (10), p.1004-1018.e10 [Periódico revisado por pares]

United States: Elsevier Inc

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