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De novo discovery of mutated driver pathways in cancer
De novo discovery of mutated driver pathways in cancer
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De novo discovery of mutated driver pathways in cancer

Vandin, Fabio ; Upfal, Eli ; Raphael, Benjamin J

Genome research, 2012-02, Vol.22 (2), p.375-385 [Periódico revisado por pares]

United States: Cold Spring Harbor Laboratory Press

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Inferring parsimonious migration histories for metastatic cancers
Inferring parsimonious migration histories for metastatic cancers
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Inferring parsimonious migration histories for metastatic cancers

El-Kebir, Mohammed ; Satas, Gryte ; Raphael, Benjamin J

Nature genetics, 2018-05, Vol.50 (5), p.718-726 [Periódico revisado por pares]

United States: Nature Publishing Group

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THetA: inferring intra-tumor heterogeneity from high-throughput DNA sequencing data
THetA: inferring intra-tumor heterogeneity from high-throughput DNA sequencing data
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THetA: inferring intra-tumor heterogeneity from high-throughput DNA sequencing data

Oesper, Layla ; Mahmoody, Ahmad ; Raphael, Benjamin J

Genome Biology (Online Edition), 2013-01, Vol.14 (7), p.R80-R80 [Periódico revisado por pares]

England: Springer-Verlag

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Single-cell sequencing data reveal widespread recurrence and loss of mutational hits in the life histories of tumors
Single-cell sequencing data reveal widespread recurrence and loss of mutational hits in the life histories of tumors
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Single-cell sequencing data reveal widespread recurrence and loss of mutational hits in the life histories of tumors

Kuipers, Jack ; Jahn, Katharina ; Raphael, Benjamin J ; Beerenwinkel, Niko

Genome research, 2017-11, Vol.27 (11), p.1885-1894 [Periódico revisado por pares]

United States: Cold Spring Harbor Laboratory Press

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Reconstruction of clonal trees and tumor composition from multi-sample sequencing data
Reconstruction of clonal trees and tumor composition from multi-sample sequencing data
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Reconstruction of clonal trees and tumor composition from multi-sample sequencing data

El-Kebir, Mohammed ; Oesper, Layla ; Acheson-Field, Hannah ; Raphael, Benjamin J

Bioinformatics (Oxford, England), 2015-06, Vol.31 (12), p.i62-i70 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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netNMF-sc: leveraging gene-gene interactions for imputation and dimensionality reduction in single-cell expression analysis
netNMF-sc: leveraging gene-gene interactions for imputation and dimensionality reduction in single-cell expression analysis
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netNMF-sc: leveraging gene-gene interactions for imputation and dimensionality reduction in single-cell expression analysis

Elyanow, Rebecca ; Dumitrascu, Bianca ; Engelhardt, Barbara E ; Raphael, Benjamin J

Genome research, 2020-02, Vol.30 (2), p.195-204 [Periódico revisado por pares]

United States: Cold Spring Harbor Laboratory Press

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ConDoR: tumor phylogeny inference with a copy-number constrained mutation loss model
ConDoR: tumor phylogeny inference with a copy-number constrained mutation loss model
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ConDoR: tumor phylogeny inference with a copy-number constrained mutation loss model

Sashittal, Palash ; Zhang, Haochen ; Iacobuzio-Donahue, Christine A ; Raphael, Benjamin J

Genome Biology, 2023-11, Vol.24 (1), p.272-23, Article 272 [Periódico revisado por pares]

England: BioMed Central

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Hierarchical HotNet: identifying hierarchies of altered subnetworks
Hierarchical HotNet: identifying hierarchies of altered subnetworks
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Hierarchical HotNet: identifying hierarchies of altered subnetworks

Reyna, Matthew A ; Leiserson, Mark D M ; Raphael, Benjamin J

Bioinformatics, 2018-09, Vol.34 (17), p.i972-i980 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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Mutational landscape and significance across 12 major cancer types
Mutational landscape and significance across 12 major cancer types
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Mutational landscape and significance across 12 major cancer types

Kandoth, Cyriac ; McLellan, Michael D ; Vandin, Fabio ; Ye, Kai ; Niu, Beifang ; Lu, Charles ; Xie, Mingchao ; Zhang, Qunyuan ; McMichael, Joshua F ; Wyczalkowski, Matthew A ; Leiserson, Mark D M ; Miller, Christopher A ; Welch, John S ; Walter, Matthew J ; Wendl, Michael C ; Ley, Timothy J ; Wilson, Richard K ; Raphael, Benjamin J ; Ding, Li

Nature (London), 2013-10, Vol.502 (7471), p.333-339 [Periódico revisado por pares]

England: Nature Publishing Group

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20
A combinatorial approach for analyzing intra-tumor heterogeneity from high-throughput sequencing data
A combinatorial approach for analyzing intra-tumor heterogeneity from high-throughput sequencing data
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A combinatorial approach for analyzing intra-tumor heterogeneity from high-throughput sequencing data

Hajirasouliha, Iman ; Mahmoody, Ahmad ; Raphael, Benjamin J

Bioinformatics (Oxford, England), 2014-06, Vol.30 (12), p.i78-i86 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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Deste Autor:

  1. Raphael, B
  2. Lisi, C
  3. Robertson, A
  4. Molinaro, R
  5. Cherniack , A

Neste Assunto:

  1. Science & Technology
  2. Life Sciences & Biomedicine
  3. Humans
  4. Biochemistry & Molecular Biology
  5. Technology

  • Realização: ABCD-USP USP   Logos de Redes Sociais: Freepik

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