Pan-cancer analysis of somatic copy-number alterations implicates IRS4 and IGF2 in enhancer hijacking

Weischenfeldt, Joachim ; Dubash, Taronish ; Drainas, Alexandros P ; Mardin, Balca R ; Chen, Yuanyuan ; Stütz, Adrian M ; Waszak, Sebastian M ; Bosco, Graziella ; Halvorsen, Ann Rita ; Raeder, Benjamin ; Efthymiopoulos, Theocharis ; Erkek, Serap ; Siegl, Christine ; Brenner, Hermann ; Brustugun, Odd Terje ; Dieter, Sebastian M ; Northcott, Paul A ; Petersen, Iver ; Pfister, Stefan M ; Schneider, Martin ; Solberg, Steinar K ; Thunissen, Erik ; Weichert, Wilko ; Zichner, Thomas ; Thomas, Roman ; Peifer, Martin ; Helland, Aslaug ; Ball, Claudia R ; Jechlinger, Martin ; Sotillo, Rocio ; Glimm, Hanno ; Korbel, Jan O

United States: Nature Publishing Group

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The genomic and transcriptomic landscape of a HeLa cell line

Landry, Jonathan J M ; Pyl, Paul Theodor ; Rausch, Tobias ; Zichner, Thomas ; Tekkedil, Manu M ; Stütz, Adrian M ; Jauch, Anna ; Aiyar, Raeka S ; Pau, Gregoire ; Delhomme, Nicolas ; Gagneur, Julien ; Korbel, Jan O ; Huber, Wolfgang ; Steinmetz, Lars M

United States: Genetics Society of America

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Systematic inference of copy-number genotypes from personal genome sequencing data reveals extensive olfactory receptor gene content diversity

Waszak, Sebastian M ; Hasin, Yehudit ; Zichner, Thomas ; Olender, Tsviya ; Keydar, Ifat ; Khen, Miriam ; Stütz, Adrian M ; Schlattl, Andreas ; Lancet, Doron ; Korbel, Jan O Wasserman, Wyeth W.

United States: Public Library of Science

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Recurrent MET fusion genes represent a drug target in pediatric glioblastoma

Bender, Sebastian ; Gronych, Jan ; Warnatz, Hans-Jorg ; Hutter, Barbara ; Grobner, Susanne ; Ryzhova, Marina ; Pfaff, Elke ; Hovestadt, Volker ; Weinberg, Florian ; Halbach, Sebastian ; Kool, Marcel ; Northcott, Paul A ; Sturm, Dominik ; Bjerke, Lynn ; Zichner, Thomas ; Stuetz, Adrian M ; Schramm, Kathrin ; Huang, Bingding ; Buchhalter, Ivo ; Heinold, Michael ; Risch, Thomas ; Worst, Barbara C ; van Tilburg, Cornelis M ; Weber, Ursula D ; Zapatka, Marc ; Raeder, Benjamin ; Milford, David ; Heiland, Sabine ; von Kalle, Christof ; Previti, Christopher ; Lawerenz, Chris ; Kulozik, Andreas E ; Unterberg, Andreas ; Witt, Olaf ; von Deimling, Andreas ; Capper, David ; Truffaux, Nathalene ; Grill, Jacques ; Jabado, Nada ; Sehested, Astrid M ; Sumerauer, David ; Brahim, Dorra Hmida-Ben ; Trabelsi, Saoussen ; Ng, Ho-Keung ; Zagzag, David ; Allen, Jeffrey C ; Karajannis, Matthias A ; Gottardo, Nicholas G ; Jones, Chris ; Korbel, Jan O ; et. al

United States: Nature Publishing Group

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Recurrent MET fusion genes represent a drug target in pediatric glioblastoma

Weinberg, Florian ; Pfaff, Elke ; Brors, Benedikt ; Schmidt, Sabine ; Reifenberger, Guido ; Ryzhova, Marina ; Trabelsi, Saoussen ; Heinold, Michael ; Eils, Roland ; Grobner, Susanne ; Brahim, Dorra Hmida-Ben ; Lehrach, Hans ; Sturm, Dominik ; Allen, Jeffrey C ; Weber, Ursula D ; Milford, David ; Korbel, Jan O ; Halbach, Sebastian ; Felsberg, Jorg ; Lawerenz, Chris ; Warnatz, Hans-Jorg ; Bender, Sebastian ; Kulozik, Andreas E ; Hutter, Barbara ; Gronych, Jan ; Sumerauer, David ; Karajannis, Matthias A ; Buchhalter, Ivo ; Jabado, Nada ; Korshunov, Andrey ; Gottardo, Nicholas G ; Herold-Mende, Christel ; Huang, Bingding ; Bjerke, Lynn ; Pfister, Stefan M ; von Deimling, Andreas ; Stutz, Adrian M ; Raeder, Benjamin ; Wolf, Stephan ; Previti, Christopher ; Unterberg, Andreas ; Sehested, Astrid M ; Brummer, Tilman ; Truffaux, Nathalene ; Zichner, Thomas ; Jones, Chris ; Ng, Ho-Keung ; Hovestadt, Volker ; Risch, Thomas ; Capper, David ; Northcott, Paul A ; Lichter, Peter ; von Kalle, Christof ; van Tilburg, Cornelis M ; Jones, David T W ; Heiland, Sabine ; Schramm, Kathrin ; Worst, Barbara C ; Yaspo, Marie-Laure ; Zapatka, Marc ; Witt, Olaf ; Zagzag, David ; Kool, Marcel ; Grill, Jacques

Nature Publishing Group

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Recurrent MET fusion genes represent a drug target in pediatric glioblastoma

Bender, Sebastian ; Gronych, Jan ; Warnatz, Hans-Jörg ; Hutter, Barbara ; Gröbner, Susanne ; Ryzhova, Marina ; Pfaff, Elke ; Hovestadt, Volker ; Weinberg, Florian ; Halbach, Sebastian ; Kool, Marcel ; Northcott, Paul A ; Sturm, Dominik ; Bjerke, Lynn ; Zichner, Thomas ; Stütz, Adrian M ; Schramm, Kathrin ; Huang, Bingding ; Buchhalter, Ivo ; Heinold, Michael ; Risch, Thomas ; Worst, Barbara C ; van Tilburg, Cornelis M ; Weber, Ursula D ; Zapatka, Marc ; Raeder, Benjamin ; Milford, David ; Heiland, Sabine ; von Kalle, Christof ; Previti, Christopher ; Lawerenz, Chris ; Kulozik, Andreas E ; Unterberg, Andreas ; Witt, Olaf ; von Deimling, Andreas ; Capper, David ; Truffaux, Nathalène ; Grill, Jacques ; Jabado, Nada ; Sehested, Astrid M ; Sumerauer, David ; Brahim, Dorra Hmida-Ben ; Trabelsi, Saoussen ; Ng, Ho-Keung ; Zagzag, David ; Allen, Jeffrey C ; Karajannis, Matthias A ; Gottardo, Nicholas G ; Jones, Chris ; Korbel, Jan O ; Schmidt, Sabine ; Wolf, Stephan ; Reifenberger, Guido ; Felsberg, Jörg ; Brors, Benedikt ; Herold-Mende, Christel ; Lehrach, Hans ; Brummer, Tilman ; Korshunov, Andrey ; Eils, Roland ; Yaspo, Marie-Laure ; Pfister, Stefan M ; Lichter, Peter ; Jones, David T W

Nature Publishing Group

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An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes

Sudmant, Peter H ; Rausch, Tobias ; Gardner, Eugene J ; Handsaker, Robert E ; Abyzov, Alexej ; Huddleston, John ; Zhang, Yan ; Ye, Kai ; Jun, Goo ; Fritz, Markus Hsi-Yang ; Konkel, Miriam K ; Malhotra, Ankit ; Stütz, Adrian M ; Shi, Xinghua ; Casale, Francesco Paolo ; Chen, Jieming ; Hormozdiari, Fereydoun ; Dayama, Gargi ; Chen, Ken ; Malig, Maika ; Chaisson, Mark J.P ; Walter, Klaudia ; Meiers, Sascha ; Kashin, Seva ; Garrison, Erik ; Auton, Adam ; Lam, Hugo Y. K ; Mu, Xinmeng Jasmine ; Alkan, Can ; Antaki, Danny ; Bae, Taejeong ; Cerveira, Eliza ; Chines, Peter ; Chong, Zechen ; Clarke, Laura ; Dal, Elif ; Ding, Li ; Emery, Sarah ; Fan, Xian ; Gujral, Madhusudan ; Kahveci, Fatma ; Kidd, Jeffrey M ; Kong, Yu ; Lameijer, Eric-Wubbo ; McCarthy, Shane ; Flicek, Paul ; Gibbs, Richard A ; Marth, Gabor ; Mason, Christopher E ; Menelaou, Androniki ; Muzny, Donna M ; Nelson, Bradley J ; Noor, Amina ; Parrish, Nicholas F ; Pendleton, Matthew ; Quitadamo, Andrew ; Raeder, Benjamin ; Schadt, Eric E ; Romanovitch, Mallory ; Schlattl, Andreas ; Sebra, Robert ; Shabalin, Andrey A ; Untergasser, Andreas ; Walker, Jerilyn A ; Wang, Min ; Yu, Fuli ; Zhang, Chengsheng ; Zhang, Jing ; Zheng-Bradley, Xiangqun ; Zhou, Wanding ; Zichner, Thomas ; Sebat, Jonathan ; Batzer, Mark A ; McCarroll, Steven A ; Mills, Ryan E ; Gerstein, Mark B ; Bashir, Ali ; Stegle, Oliver ; Devine, Scott E ; Lee, Charles ; Eichler, Evan E ; Korbel, Jan O

2015

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Systematic Inference of Copy-Number Genotypes from Personal Genome Sequencing Data Reveals Extensive Olfactory Receptor Gene Content Diversity: e1000988

Waszak, Sebastian M ; Hasin, Yehudit ; Zichner, Thomas ; Olender, Tsviya ; Keydar, Ifat ; Khen, Miriam ; Stütz, Adrian M ; Schlattl, Andreas ; Lancet, Doron ; Korbel, Jan O

San Francisco: Public Library of Science

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Dissecting the genomic complexity underlying medulloblastoma

Jones, David T W ; Jäger, Natalie ; Kool, Marcel ; Zichner, Thomas ; Hutter, Barbara ; Sultan, Marc ; Cho, Yoon-Jae ; Pugh, Trevor J ; Hovestadt, Volker ; Stütz, Adrian M ; Rausch, Tobias ; Warnatz, Hans-Jörg ; Ryzhova, Marina ; Bender, Sebastian ; Sturm, Dominik ; Pleier, Sabrina ; Cin, Huriye ; Pfaff, Elke ; Sieber, Laura ; Wittmann, Andrea ; Remke, Marc ; Witt, Hendrik ; Hutter, Sonja ; Tzaridis, Theophilos ; Weischenfeldt, Joachim ; Raeder, Benjamin ; Avci, Meryem ; Amstislavskiy, Vyacheslav ; Zapatka, Marc ; Weber, Ursula D ; Wang, Qi ; Lasitschka, Bärbel ; Bartholomae, Cynthia C ; Schmidt, Manfred ; vonKalle, Christof ; Ast, Volker ; Lawerenz, Chris ; Eils, Jürgen ; Kabbe, Rolf ; Benes, Vladimir ; van Sluis, Peter ; Koster, Jan ; Volckmann, Richard ; Shih, David ; Betts, Matthew J ; Russell, Robert B ; Coco, Simona ; Tonini, Gian Paolo ; Schüller, Ulrich ; Hans, Volkmar ; Graf, Norbert ; Kim, Yoo-Jin ; Monoranu, Camelia ; Roggendorf, Wolfgang ; Unterberg, Andreas ; Herold-Mende, Christel ; Milde, Till ; Kulozik, Andreas E ; vonDeimling, Andreas ; Witt, Olaf ; Maass, Eberhard ; Rössler, Jochen ; Ebinger, Martin ; Schuhmann, Martin U ; Frühwald, Michael C ; Hasselblatt, Martin ; Jabado, Nada ; Rutkowski, Stefan ; vonBueren, Andrá O ; Williamson, Dan ; Clifford, Steven C ; McCabe, Martin G ; Collins, V Peter ; Wolf, Stephan ; Wiemann, Stefan ; Lehrach, Hans ; Brors, Benedikt ; Scheurlen, Wolfram ; Felsberg, Jörg ; Reifenberger, Guido ; Northcott, Paul A ; Taylor, Michael D ; Meyerson, Matthew ; Pomeroy, Scott L ; Yaspo, Marie-Laure ; Korbel, Jan O ; Korshunov, Andrey ; Eils, Roland ; Pfister, Stefan M ; Lichter, Peter

London: Nature Publishing Group

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ICGC PedBrain: Dissecting the genomic complexity underlying medulloblastoma

Jones, David TW ; Jäger, Natalie ; Kool, Marcel ; Zichner, Thomas ; Hutter, Barbara ; Sultan, Marc ; Cho, Yoon-Jae ; Pugh, Trevor J ; Hovestadt, Volker ; Stütz, Adrian M ; Rausch, Tobias ; Warnatz, Hans-Jörg ; Ryzhova, Marina ; Bender, Sebastian ; Sturm, Dominik ; Pleier, Sabrina ; Cin, Huriye ; Pfaff, Elke ; Sieber, Laura ; Wittmann, Andrea ; Remke, Marc ; Witt, Hendrik ; Hutter, Sonja ; Tzaridis, Theophilos ; Weischenfeldt, Joachim ; Raeder, Benjamin ; Avci, Meryem ; Amstislavskiy, Vyacheslav ; Zapatka, Marc ; Weber, Ursula D ; Wang, Qi ; Lasitschka, Bärbel ; Bartholomae, Cynthia C ; Schmidt, Manfred ; von Kalle, Christof ; Ast, Volker ; Lawerenz, Chris ; Eils, Jürgen ; Kabbe, Rolf ; Benes, Vladimir ; van Sluis, Peter ; Koster, Jan ; Volckmann, Richard ; Shih, David ; Betts, Matthew J ; Russell, Robert B ; Coco, Simona ; Tonini, Gian Paolo ; Schüller, Ulrich ; Hans, Volkmar ; Graf, Norbert ; Kim, Yoo-Jin ; Monoranu, Camelia ; Roggendorf, Wolfgang ; Unterberg, Andreas ; Herold-Mende, Christel ; Milde, Till ; Kulozik, Andreas E ; von Deimling, Andreas ; Witt, Olaf ; Maass, Eberhard ; Rössler, Jochen ; Ebinger, Martin ; Schuhmann, Martin U ; Frühwald, Michael C ; Hasselblatt, Martin ; Jabado, Nada ; Rutkowski, Stefan ; von Bueren, André O ; Williamson, Dan ; Clifford, Steven C ; McCabe, Martin G ; Collins, V. Peter ; Wolf, Stephan ; Wiemann, Stefan ; Lehrach, Hans ; Brors, Benedikt ; Scheurlen, Wolfram ; Felsberg, Jörg ; Reifenberger, Guido ; Northcott, Paul A ; Taylor, Michael D ; Meyerson, Matthew ; Pomeroy, Scott L ; Yaspo, Marie-Laure ; Korbel, Jan O ; Korshunov, Andrey ; Eils, Roland ; Pfister, Stefan M ; Lichter, Peter

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