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SUPER-FOCUS: a tool for agile functional analysis of shotgun metagenomic data
SUPER-FOCUS: a tool for agile functional analysis of shotgun metagenomic data
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SUPER-FOCUS: a tool for agile functional analysis of shotgun metagenomic data

Silva, Genivaldo Gueiros Z ; Green, Kevin T ; Dutilh, Bas E ; Edwards, Robert A

Bioinformatics, 2016-02, Vol.32 (3), p.354-361 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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2
Reference-independent comparative metagenomics using cross-assembly: crAss
Reference-independent comparative metagenomics using cross-assembly: crAss
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Reference-independent comparative metagenomics using cross-assembly: crAss

DUTILH, Bas E ; SCHMIEDER, Robert ; NULTON, Jim ; FELTS, Ben ; SALAMON, Peter ; EDWARDS, Robert A ; MOKILI, John L

Bioinformatics, 2012-12, Vol.28 (24), p.3225-3231 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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3
Masking residues using context-specific evolutionary conservation significantly improves short linear motif discovery
Masking residues using context-specific evolutionary conservation significantly improves short linear motif discovery
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Masking residues using context-specific evolutionary conservation significantly improves short linear motif discovery

Davey, Norman E. ; Shields, Denis C. ; Edwards, Richard J.

Bioinformatics, 2009-02, Vol.25 (4), p.443-450 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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4
CompariMotif: quick and easy comparisons of sequence motifs
CompariMotif: quick and easy comparisons of sequence motifs
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CompariMotif: quick and easy comparisons of sequence motifs

Edwards, Richard J. ; Davey, Norman E. ; Shields, Denis C.

Bioinformatics, 2008-05, Vol.24 (10), p.1307-1309 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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The variant call format and VCFtools
The variant call format and VCFtools
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The variant call format and VCFtools

Danecek, Petr ; Auton, Adam ; Abecasis, Goncalo ; Albers, Cornelis A ; Banks, Eric ; DePristo, Mark A ; Handsaker, Robert E ; Lunter, Gerton ; Marth, Gabor T ; Sherry, Stephen T ; McVean, Gilean ; Durbin, Richard

Bioinformatics, 2011-08, Vol.27 (15), p.2156-2158 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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6
BrAPI—an application programming interface for plant breeding applications
BrAPI—an application programming interface for plant breeding applications
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BrAPI—an application programming interface for plant breeding applications

Selby, Peter ; Abbeloos, Rafael ; Backlund, Jan Erik ; Basterrechea Salido, Martin ; Bauchet, Guillaume ; Benites-Alfaro, Omar E ; Birkett, Clay ; Calaminos, Viana C ; Carceller, Pierre ; Cornut, Guillaume ; Vasques Costa, Bruno ; Edwards, Jeremy D ; Finkers, Richard ; Yanxin Gao, Star ; Ghaffar, Mehmood ; Glaser, Philip ; Guignon, Valentin ; Hok, Puthick ; Kilian, Andrzej ; König, Patrick ; Lagare, Jack Elendil B ; Lange, Matthias ; Laporte, Marie-Angélique ; Larmande, Pierre ; LeBauer, David S ; Lyon, David A ; Marshall, David S ; Matthews, Dave ; Milne, Iain ; Mistry, Naymesh ; Morales, Nicolas ; Mueller, Lukas A ; Neveu, Pascal ; Papoutsoglou, Evangelia ; Pearce, Brian ; Perez-Masias, Ivan ; Pommier, Cyril ; Ramírez-González, Ricardo H ; Rathore, Abhishek ; Raquel, Angel Manica ; Raubach, Sebastian ; Rife, Trevor ; Robbins, Kelly ; Rouard, Mathieu ; Sarma, Chaitanya ; Scholz, Uwe ; Sempéré, Guilhem ; Shaw, Paul D ; Simon, Reinhard ; Soldevilla, Nahuel ; Stephen, Gordon ; Sun, Qi ; Tovar, Clarysabel ; Uszynski, Grzegorz ; Verouden, Maikel Wren, Jonathan

Bioinformatics, 2019-10, Vol.35 (20), p.4147-4155 [Periódico revisado por pares]

England: Oxford University Press

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7
runBNG: a software package for BioNano genomic analysis on the command line
runBNG: a software package for BioNano genomic analysis on the command line
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runBNG: a software package for BioNano genomic analysis on the command line

Yuan, Yuxuan ; Bayer, Philipp E ; Lee, Huey-Tyng ; Edwards, David Hancock, John

Bioinformatics (Oxford, England), 2017-10, Vol.33 (19), p.3107-3109 [Periódico revisado por pares]

England

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8
crosshap: R package for local haplotype visualization for trait association analysis
crosshap: R package for local haplotype visualization for trait association analysis
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crosshap: R package for local haplotype visualization for trait association analysis

Marsh, Jacob I ; Petereit, Jakob ; Johnston, Brady A ; Bayer, Philipp E ; Tay Fernandez, Cassandria G ; Al-Mamun, Hawlader A ; Batley, Jacqueline ; Edwards, David Schwartz, Russell

Bioinformatics (Oxford, England), 2023-08, Vol.39 (8) [Periódico revisado por pares]

Oxford University Press

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9
Microarray standard data set and figures of merit for comparing data processing methods and experiment designs
Microarray standard data set and figures of merit for comparing data processing methods and experiment designs
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Microarray standard data set and figures of merit for comparing data processing methods and experiment designs

HE, Yudong D ; DAI, Hongyue ; STOUGHTON, Roland B ; SCHADT, Eric E ; CAVET, Guy ; EDWARDS, Stephen W ; STEPANIANTS, Sergey B ; DUENWALD, Sven ; KLEINHANZ, Robert ; JONES, Allan R ; SHOEMAKER, Daniel D

Bioinformatics, 2003-05, Vol.19 (8), p.956-965 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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10
Reconstruction of transcriptional dynamics from gene reporter data using differential equations
Reconstruction of transcriptional dynamics from gene reporter data using differential equations
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Reconstruction of transcriptional dynamics from gene reporter data using differential equations

Finkenstädt, Bärbel ; Heron, Elizabeth A. ; Komorowski, Michal ; Edwards, Kieron ; Tang, Sanyi ; Harper, Claire V. ; Davis, Julian R. E. ; White, Michael R. H. ; Millar, Andrew J. ; Rand, David A.

Bioinformatics, 2008-12, Vol.24 (24), p.2901-2907 [Periódico revisado por pares]

Oxford: Oxford University Press

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