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Design of synthetic bacterial communities for predictable plant phenotypes
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Design of synthetic bacterial communities for predictable plant phenotypes

Herrera Paredes, Sur ; Gao, Tianxiang ; Law, Theresa F ; Finkel, Omri M ; Mucyn, Tatiana ; Teixeira, Paulo José Pereira Lima ; Salas González, Isaí ; Feltcher, Meghan E ; Powers, Matthew J ; Shank, Elizabeth A ; Jones, Corbin D ; Jojic, Vladimir ; Dangl, Jeffery L ; Castrillo, Gabriel Kemen, Eric

PLoS biology, 2018-02, Vol.16 (2), p.e2003962-e2003962 [Periódico revisado por pares]

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12
Gut microbiota diversity across ethnicities in the United States
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Gut microbiota diversity across ethnicities in the United States

Brooks, Andrew W ; Priya, Sambhawa ; Blekhman, Ran ; Bordenstein, Seth R Cadwell, Ken

PLoS biology, 2018-12, Vol.16 (12), p.e2006842-e2006842 [Periódico revisado por pares]

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13
Integrating Hi-C links with assembly graphs for chromosome-scale assembly
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Integrating Hi-C links with assembly graphs for chromosome-scale assembly

Ghurye, Jay ; Rhie, Arang ; Walenz, Brian P ; Schmitt, Anthony ; Selvaraj, Siddarth ; Pop, Mihai ; Phillippy, Adam M ; Koren, Sergey Ioshikhes, Ilya

PLoS computational biology, 2019-08, Vol.15 (8), p.e1007273-e1007273 [Periódico revisado por pares]

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14
BBMerge - Accurate paired shotgun read merging via overlap
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BBMerge - Accurate paired shotgun read merging via overlap

Bushnell, Brian ; Rood, Jonathan ; Singer, Esther Biggs, Patrick Jon

PloS one, 2017-10, Vol.12 (10), p.e0185056-e0185056 [Periódico revisado por pares]

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15
New functionalities in the TCGAbiolinks package for the study and integration of cancer data from GDC and GTEx
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New functionalities in the TCGAbiolinks package for the study and integration of cancer data from GDC and GTEx

Mounir, Mohamed ; Lucchetta, Marta ; Silva, Tiago C ; Olsen, Catharina ; Bontempi, Gianluca ; Chen, Xi ; Noushmehr, Houtan ; Colaprico, Antonio ; Papaleo, Elena Wang, Edwin

PLoS computational biology, 2019-03, Vol.15 (3), p.e1006701-e1006701 [Periódico revisado por pares]

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16
Ten quick tips for effective dimensionality reduction
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Ten quick tips for effective dimensionality reduction

Nguyen, Lan Huong ; Holmes, Susan Ouellette, Francis

PLoS computational biology, 2019-06, Vol.15 (6), p.e1006907-e1006907 [Periódico revisado por pares]

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17
Machine and deep learning meet genome-scale metabolic modeling
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Machine and deep learning meet genome-scale metabolic modeling

Zampieri, Guido ; Vijayakumar, Supreeta ; Yaneske, Elisabeth ; Angione, Claudio Nielsen, Jens

PLoS computational biology, 2019-07, Vol.15 (7), p.e1007084-e1007084 [Periódico revisado por pares]

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18
SARTools: A DESeq2- and EdgeR-Based R Pipeline for Comprehensive Differential Analysis of RNA-Seq Data
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SARTools: A DESeq2- and EdgeR-Based R Pipeline for Comprehensive Differential Analysis of RNA-Seq Data

Varet, Hugo ; Brillet-Guéguen, Loraine ; Coppée, Jean-Yves ; Dillies, Marie-Agnès Mills, Ken

PloS one, 2016-06, Vol.11 (6), p.e0157022-e0157022 [Periódico revisado por pares]

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19
Propagating annotations of molecular networks using in silico fragmentation
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Propagating annotations of molecular networks using in silico fragmentation

da Silva, Ricardo R ; Wang, Mingxun ; Nothias, Louis-Félix ; van der Hooft, Justin J J ; Caraballo-Rodríguez, Andrés Mauricio ; Fox, Evan ; Balunas, Marcy J ; Klassen, Jonathan L ; Lopes, Norberto Peporine ; Dorrestein, Pieter C Schlessinger, Avner

PLoS computational biology, 2018-04, Vol.14 (4), p.e1006089-e1006089 [Periódico revisado por pares]

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20
Fundamental properties of the mammalian innate immune system revealed by multispecies comparison of type I interferon responses
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Fundamental properties of the mammalian innate immune system revealed by multispecies comparison of type I interferon responses

Shaw, Andrew E ; Hughes, Joseph ; Gu, Quan ; Behdenna, Abdelkader ; Singer, Joshua B ; Dennis, Tristan ; Orton, Richard J ; Varela, Mariana ; Gifford, Robert J ; Wilson, Sam J ; Palmarini, Massimo Malik, Harmit

PLoS biology, 2017-12, Vol.15 (12), p.e2004086 [Periódico revisado por pares]

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