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1
Interpretation of machine learning models using shapley values: application to compound potency and multi-target activity predictions
Interpretation of machine learning models using shapley values: application to compound potency and multi-target activity predictions
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Interpretation of machine learning models using shapley values: application to compound potency and multi-target activity predictions

Rodríguez-Pérez, Raquel ; Bajorath, Jürgen

Journal of computer-aided molecular design, 2020-10, Vol.34 (10), p.1013-1026 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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2
A review on animal–robot interaction: from bio-hybrid organisms to mixed societies
A review on animal–robot interaction: from bio-hybrid organisms to mixed societies
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A review on animal–robot interaction: from bio-hybrid organisms to mixed societies

Romano, Donato ; Donati, Elisa ; Benelli, Giovanni ; Stefanini, Cesare

Biological cybernetics, 2019-06, Vol.113 (3), p.201-225 [Periódico revisado por pares]

Berlin/Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg

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3
Protein and ligand preparation: parameters, protocols, and influence on virtual screening enrichments
Protein and ligand preparation: parameters, protocols, and influence on virtual screening enrichments
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Protein and ligand preparation: parameters, protocols, and influence on virtual screening enrichments

Madhavi Sastry, G. ; Adzhigirey, Matvey ; Day, Tyler ; Annabhimoju, Ramakrishna ; Sherman, Woody

Journal of computer-aided molecular design, 2013-03, Vol.27 (3), p.221-234 [Periódico revisado por pares]

Dordrecht: Springer Netherlands

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4
Estimation of the size of drug-like chemical space based on GDB-17 data
Estimation of the size of drug-like chemical space based on GDB-17 data
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Estimation of the size of drug-like chemical space based on GDB-17 data

Polishchuk, P. G. ; Madzhidov, T. I. ; Varnek, A.

Journal of computer-aided molecular design, 2013-08, Vol.27 (8), p.675-679 [Periódico revisado por pares]

Dordrecht: Springer Netherlands

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5
Guidelines for the analysis of free energy calculations
Guidelines for the analysis of free energy calculations
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Guidelines for the analysis of free energy calculations

Klimovich, Pavel V. ; Shirts, Michael R. ; Mobley, David L.

Journal of computer-aided molecular design, 2015-05, Vol.29 (5), p.397-411 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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6
Lessons learned from comparing molecular dynamics engines on the SAMPL5 dataset
Lessons learned from comparing molecular dynamics engines on the SAMPL5 dataset
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Lessons learned from comparing molecular dynamics engines on the SAMPL5 dataset

Shirts, Michael R. ; Klein, Christoph ; Swails, Jason M. ; Yin, Jian ; Gilson, Michael K. ; Mobley, David L. ; Case, David A. ; Zhong, Ellen D.

Journal of computer-aided molecular design, 2017-01, Vol.31 (1), p.147-161 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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7
A computational theory of visual receptive fields
A computational theory of visual receptive fields
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A computational theory of visual receptive fields

Lindeberg, Tony

Biological cybernetics, 2013-12, Vol.107 (6), p.589-635 [Periódico revisado por pares]

Berlin/Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg

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8
D3R Grand Challenge 2: blind prediction of protein–ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies
D3R Grand Challenge 2: blind prediction of protein–ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies
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D3R Grand Challenge 2: blind prediction of protein–ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies

Gaieb, Zied ; Liu, Shuai ; Gathiaka, Symon ; Chiu, Michael ; Yang, Huanwang ; Shao, Chenghua ; Feher, Victoria A. ; Walters, W. Patrick ; Kuhn, Bernd ; Rudolph, Markus G. ; Burley, Stephen K. ; Gilson, Michael K. ; Amaro, Rommie E.

Journal of computer-aided molecular design, 2018-01, Vol.32 (1), p.1-20 [Periódico revisado por pares]

Cham: Springer International Publishing

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9
van der Waals potential: an important complement to molecular electrostatic potential in studying intermolecular interactions
van der Waals potential: an important complement to molecular electrostatic potential in studying intermolecular interactions
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van der Waals potential: an important complement to molecular electrostatic potential in studying intermolecular interactions

Lu, Tian ; Chen, Qinxue

Journal of molecular modeling, 2020-10, Vol.26 (11), p.315-315, Article 315 [Periódico revisado por pares]

Berlin/Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg

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10
Optimization of parameters for semiempirical methods VI: more modifications to the NDDO approximations and re-optimization of parameters
Optimization of parameters for semiempirical methods VI: more modifications to the NDDO approximations and re-optimization of parameters
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Optimization of parameters for semiempirical methods VI: more modifications to the NDDO approximations and re-optimization of parameters

Stewart, James J. P.

Journal of molecular modeling, 2013-01, Vol.19 (1), p.1-32 [Periódico revisado por pares]

Berlin/Heidelberg: Springer-Verlag

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