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Tratamento numérico da mecânica de interfaces lipídicas: modelagem e simulação

Rodrigues, Diego Samuel

Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação 2015-09-04

Acesso online. A biblioteca também possui exemplares impressos.

  • Título:
    Tratamento numérico da mecânica de interfaces lipídicas: modelagem e simulação
  • Autor: Rodrigues, Diego Samuel
  • Orientador: Buscaglia, Gustavo Carlos
  • Assuntos: Mecânica Celular; Membranas Fosfolipídicas; Método Dos Elementos Finitos; Lipossomas; Formulações Variacionais Mistas; Fluidos Superficiais Newtonianos; Operador De Boussinesq-Scriven; Energia De Canham-Helfrich; Operador De Laplace-Beltrami; Cálculo Tangencial; Membranetethering; Newtonian Surfaces Fluids; Mixed Variational Formulations; Phospolipid Membranes; Membrane Tethering; Boussinesq-Scriven Operator; Liposomes; Laplace-Beltrami Operator; Finite Element Methods; Cell Mechanics; Canham-Helfrich Energy; Tangential Cclculus
  • Notas: Tese (Doutorado)
  • Descrição: A mecânica celular jaz nas propriedades materiais da membrana plasmática, fundamentalmente uma bicamada fosfolipídica com espessura de dimensões moleculares. Além de forças elásticas, tal material bidimensional também experimenta tensões viscosas devido ao seu comportamento fluido (presumivelmente newtoniano) na direção tangencial. A despeito da notável concordância entre teoria e experimentos biofísicos sobre a geometria de membranas celulares, ainda não se faz presente um método computacional para simulação de sua (real) dinâmica viscosa governada pela lei de Boussinesq-Scriven. Assim sendo, introduzimos uma formulação variacional mista de três campos para escoamentos viscosos de superfícies fechadas curvas. Nela, o fluido circundante é levado em conta considerando-se uma restrição de volume interior, ao passo que uma restrição de área corresponde à inextensibilidade. As incógnitas são a velocidade, o vetor curvatura e a pressão superficial, todas estas interpoladas com elementos finitos lineares contínuos via estabilização baseada na projeção do gradiente de pressão. O método é semi-implícito e requer a solução de apenas um único sistema linear por passo de tempo. Outro ingrediente numérico proposto é uma força que mimetiza a ação de uma pinça óptica, permitindo interação virtual com a membrana, onde a qualidade e o refinamento de malha são mantidos por remalhagem adaptativa automática. Extensivos experimentos numéricos de dinâmica de relaxação são apresentados e comparados com soluções quasi-analíticas. É observada estabilidade temporal condicional com uma restrição de passo de tempo que escala como o quadrado do tamanho de malha. Reportamos a convergência e os limites de estabilidade de nosso método e sua habilidade em predizer corretamente o equilíbrio dinâmico de compridas e finas elongações cilíndricas (tethers) que surgem a partir de pinçamentos membranais. A dependência de forma membranal com respeito a uma velocidade imposta de pinçamento também é discutida, sendo que há um valor limiar de velocidade abaixo do qual um tether não se forma de início. Testes adicionais ilustram a robustez do método e a relevância dos efeitos viscosos membranais quando sob a ação de forças externas. Sem dúvida, ainda há um longo caminho a ser trilhado para o entendimento completo da mecânica celular (há de serem consideradas outras estruturas tais como citoesqueleto, canais iônicos, proteínas transmembranares, etc). O primeiro passo, porém, foi dado: a construção de um esquema numérico variacional capaz de simular a intrigante dinâmica das membranas celulares.
  • DOI: 10.11606/T.55.2016.tde-04042016-114915
  • Editor: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP; Universidade de São Paulo; Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação
  • Data de publicação: 2015-09-04
  • Formato: Adobe PDF
  • Idioma: Português

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